怎么大規(guī)模鑒定miRNA靶基因？miRNA靶基因鑒定的首選工具介紹|精彩看點(diǎn)

關(guān)于mirna靶基因分析（怎么大規(guī)模鑒定miRNA靶基因？） 這個很多人還不知道，今天小編來為大家解答以上的問題，現(xiàn)在讓我們一起來看看吧！

mirna靶基因分析(如何大規(guī)模鑒定miRNA靶基因？)

降解測序

(相關(guān)資料圖)

miRNA靶基因鑒定的首選武器

說到degradome測序，想必知道的人都不陌生。是miRNA靶基因鑒定的首選工具！沒聯(lián)系過的人又感嘆，這算什么？生活就是這樣，總是充滿各種差異。但是，最重要的是，不管有沒有接觸過，都要有必要的知識儲備。這也是小編文章的初衷。和小編一起散步吧~

降解測序的起源

說到降解基因組測序，我們必須從microRNA開始。MicroRNA(miRNA)是一種內(nèi)源性非編碼小RNA，長度約22nt，在轉(zhuǎn)錄后水平上以完全或不完全匹配的方式與mRNA(靶基因)結(jié)合，引起mRNA剪切降解或抑制mRNA翻譯來調(diào)節(jié)基因表達(dá)，進(jìn)而發(fā)揮其生物學(xué)調(diào)節(jié)功能。在動物中，基因翻譯大多被抑制，而在植物中，目標(biāo)基因大多被剪切。

由于mirna的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和調(diào)控方式，一個mirna可以調(diào)控上百個靶基因，一個靶基因也可以被多個mirna調(diào)控，從而構(gòu)建了一個復(fù)雜交錯的調(diào)控 *** 。miRNA調(diào)控功能的解釋離不開miRNA調(diào)控靶基因的鑒定。

生物信息學(xué)預(yù)測可以發(fā)現(xiàn)大量潛在的miRNA靶基因，但生物信息學(xué)預(yù)測的靶基因假陽性率高，必須通過實(shí)驗(yàn)來證實(shí)，極大地影響了靶基因探索的效率。同時，當(dāng)miRNA與靶基因高度錯配時，可能會丟失很多真正的靶基因。通過實(shí)驗(yàn)鑒定miRNA靶基因?qū)⑹且环N更為準(zhǔn)確的方法，因此Degradome測序應(yīng)運(yùn)而生。

Degradome sequencing的主要降解基團(tuán)，顧名思義，是降解的RNA片段，具體來說就是這里的mRNA的降解(或剪切)片段。Degradome測序又稱大規(guī)模平行末端分析，是利用高通量測序技術(shù)對降解(或剪切)的mRNA片段進(jìn)行測序分析，準(zhǔn)確高效地篩選miRNA的靶基因。

具體來說，靶基因被miRNA切割后會產(chǎn)生兩個片段，5’片段和3’片段。其中，3’切割片段，含有游離的5’單磷酸和3’多聚腺苷酸尾，可被RNA連接酶連接，連接產(chǎn)物經(jīng)擴(kuò)增后可用于下游高通量測序；而完整的mRNA具有5’帽子結(jié)構(gòu)，5&優(yōu)優(yōu)資源網(wǎng)#39具有帽子結(jié)構(gòu)；切下的片段或其他缺少5 "單磷酸基團(tuán)的RNA不能被RNA連接酶連接，因此不能進(jìn)入下游測序?qū)嶒?yàn)。結(jié)合miRNA切割的特點(diǎn)和相關(guān)的分析工具，可以在全球范圍內(nèi)大規(guī)模地識別miRNA切割的靶基因。

將降解群數(shù)據(jù)與mRNA序列進(jìn)行對比，可以直觀地發(fā)現(xiàn)，mRNA序列中的某個位點(diǎn)會出現(xiàn)一個峰，這個位點(diǎn)就是候選的miRNA切割位點(diǎn)(如下優(yōu)優(yōu)資源 *** 圖所示)。

degradome測序的顯著性表明degradome測序更適合于植物miRNA的靶基因鑒定。Degradome測序基于真實(shí)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)識別出miRNA切割的目標(biāo)基因，不僅可以高通量找到miRNA的目標(biāo)基因，還可以進(jìn)一步縮小后續(xù)研究的范圍，大大簡化后續(xù)驗(yàn)證工作的Yoyo資源 *** ，大大提高數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和說服力。

看完之后對degradome測序有所了解嗎？下次有人問你，你可以自豪地說，這是常識，就算你不知道這個，那和咸魚干有什么區(qū)別？哈哈哈~