怎么大規模鑒定miRNA靶基因？miRNA靶基因鑒定的首選工具介紹|精彩看點

關于mirna靶基因分析（怎么大規模鑒定miRNA靶基因？） 這個很多人還不知道，今天小編來為大家解答以上的問題，現在讓我們一起來看看吧！

mirna靶基因分析(如何大規模鑒定miRNA靶基因？)

降解測序

(相關資料圖)

miRNA靶基因鑒定的首選武器

說到degradome測序，想必知道的人都不陌生。是miRNA靶基因鑒定的首選工具！沒聯系過的人又感嘆，這算什么？生活就是這樣，總是充滿各種差異。但是，最重要的是，不管有沒有接觸過，都要有必要的知識儲備。這也是小編文章的初衷。和小編一起散步吧~

降解測序的起源

說到降解基因組測序，我們必須從microRNA開始。MicroRNA(miRNA)是一種內源性非編碼小RNA，長度約22nt，在轉錄后水平上以完全或不完全匹配的方式與mRNA(靶基因)結合，引起mRNA剪切降解或抑制mRNA翻譯來調節基因表達，進而發揮其生物學調節功能。在動物中，基因翻譯大多被抑制，而在植物中，目標基因大多被剪切。

由于mirna的結構特點和調控方式，一個mirna可以調控上百個靶基因，一個靶基因也可以被多個mirna調控，從而構建了一個復雜交錯的調控 *** 。miRNA調控功能的解釋離不開miRNA調控靶基因的鑒定。

生物信息學預測可以發現大量潛在的miRNA靶基因，但生物信息學預測的靶基因假陽性率高，必須通過實驗來證實，極大地影響了靶基因探索的效率。同時，當miRNA與靶基因高度錯配時，可能會丟失很多真正的靶基因。通過實驗鑒定miRNA靶基因將是一種更為準確的方法，因此Degradome測序應運而生。

Degradome sequencing的主要降解基團，顧名思義，是降解的RNA片段，具體來說就是這里的mRNA的降解(或剪切)片段。Degradome測序又稱大規模平行末端分析，是利用高通量測序技術對降解(或剪切)的mRNA片段進行測序分析，準確高效地篩選miRNA的靶基因。

具體來說，靶基因被miRNA切割后會產生兩個片段，5’片段和3’片段。其中，3’切割片段，含有游離的5’單磷酸和3’多聚腺苷酸尾，可被RNA連接酶連接，連接產物經擴增后可用于下游高通量測序；而完整的mRNA具有5’帽子結構，5&優優資源網#39具有帽子結構；切下的片段或其他缺少5 "單磷酸基團的RNA不能被RNA連接酶連接，因此不能進入下游測序實驗。結合miRNA切割的特點和相關的分析工具，可以在全球范圍內大規模地識別miRNA切割的靶基因。

將降解群數據與mRNA序列進行對比，可以直觀地發現，mRNA序列中的某個位點會出現一個峰，這個位點就是候選的miRNA切割位點(如下優優資源 *** 圖所示)。

degradome測序的顯著性表明degradome測序更適合于植物miRNA的靶基因鑒定。Degradome測序基于真實的實驗數據識別出miRNA切割的目標基因，不僅可以高通量找到miRNA的目標基因，還可以進一步縮小后續研究的范圍，大大簡化后續驗證工作的Yoyo資源 *** ，大大提高數據的準確性和說服力。

看完之后對degradome測序有所了解嗎？下次有人問你，你可以自豪地說，這是常識，就算你不知道這個，那和咸魚干有什么區別？哈哈哈~